Administrar toda rede de saúde, principalmente as unidades básicas de saúde, bem como prestar serviços de assistência ambulatorial e de apoio diagnóstico e terapêutico à comunidade, no âmbito do SUS.

Prestar a todas as instituições públicas de ensino superior apoio de infraestrutura, logística e manutenção.

Prestar serviços de apoio à geração do conhecimento em pesquisas básicas, clínicas e aplicadas nos hospitais universitários federais e a outras instituições congêneres.

Por ter natureza privada, a EBSERH não é obrigada a dar ampla publicidade aos seus contratos.

Não compete à EBSERH prestar serviços de apoio à pesquisa e à extensão, sendo estas atribuições exclusivas das Universidades.