Na técnica LC-ESI-MS, pode ocorrer a formação de íons pseudomoleculares intactos, como [M+H]+ no modo positivo (ESI+) ou [M−H]− no modo negativo (ESI−), porque a energia empregada na fonte de ionização por eletrospray não é suficiente para gerar uma fragmentação significativa das moléculas.

Se em uma análise por LC-ESI-MS dois analitos coeluem no mesmo tempo de retenção, mas apresentam íons-fragmentos distintos, não será possível distingui-los pelo monitoramento de reações múltiplas (MRM).

Como regra geral, a técnica LC-ESI-MS é aplicada, preferencialmente, para compostos apolares e não iônicos, que sejam termicamente estáveis e que possuam baixa massa molecular (< 500 Da).

Para aumentar a formação de íons em fase gasosa do analito na fonte de ionização eletrospray (ESI) e, consequentemente, obter maior intensidade do sinal analítico, deve-se adicionar eletrólitos não voláteis à solução contendo o analito e na fase móvel.