os analisadores de massas do tipo captura de íons (ion trap) funcionam através da acumulação dos íons no seu interior e da liberação controlada dos mesmos, manipulando-se correntes alternada e de radiofrequência, simultaneamente. Esse processo proporciona uma alta sensibilidade.

os analisadores de massas quadrupolar oferecem a desvantagem de tempos de varredura curtos (menores que 100 ms), o que impossibilita sua utilização para varreduras em tempo real de picos cromatográficos.

com um equipamento do tipo triplo quadrupolo não é possível realizar todos os tipos de varredura, mas apenas do íon produto e do íon precursor.

quadrupolos são limitados do ponto de vista quantitativo, visto que apresentam baixa exatidão de massas (tipicamente de uma casa decimal) e baixa resolução (resolução unitária).

todos os íons que entram no analisador de tempo de vôo recebem um pulso de energia igual (pulso de extração), mas são acelerados de maneiras diferentes devido à sua m/z e chegam ao detector em tempos diferentes. Os íons de maior m/z chegarão primeiro ao detector, e assim por diante.