Citômetros para separação de células (cell sorters) devem, idealmente, ser capazes de separar o maior número de células com a maior pureza possível, ou seja, ter sua eficiência mais próxima possível de 100%, embora, para nenhuma separação, isso seja possível de se garantir. No entanto, algumas estratégias podem ser utilizadas, durante o experimento, para que se otimize a separação. Dentre essas estratégias, podemos destacar: