A autorização portuária pode se destinar à exploração de instalações tanto dentro quanto fora da área do porto organizado, a depender do plano de gestão aprovado pela Secretaria Especial de Portos da Presidência da República.

A autorização portuária vincula-se a terminais de uso privado que digam respeito a instalações destinadas a carga própria (aquela pertencente ao autorizado).

A exploração indireta do porto organizado pode-se dar mediante autorização, permissão, concessão e arrendamento.

A autorização portuária deve ser precedida de licitação pública, na modalidade da concorrência, podendo ser admitida a inversão de fases.

A competência para definir a área dos portos organizados é privativa do Presidente da República, a partir de proposta da Secretaria Especial de Portos da Presidência da República.