A qualidade microbiológica dos alimentos é ditada primeiramente pelo número e tipo de microorganismos iniciais (contaminação inicial) e, posteriormente, pela multiplicação ou destruição total ou parcial desses microorganismos no alimento. Neste contexto, existem dois tipos de microorganismos patogênicos que são veiculados pelos alimentos, ou seja, aqueles que causam infecções intestinais, através da agressão ao epitélio e os que provocam intoxicações, através da produção de toxinas no alimento ou no intestino. Os protozoários mais envolvidos em doenças de origem alimentar são: