Como forma de garantir a segurança do sistema, as entidades de caráter privado estão impedidas de usar o SIAFI.

Os tribunais de contas são órgãos setoriais integrantes do Sistema de Planejamento e Orçamento Federal.

As competências da Secretaria do Tesouro Nacional incluem o subsídio à formulação de políticas de financiamento de despesas públicas.

Embora figure como um dos principais objetivos do SIAFI, a padronização de métodos ainda não foi atingida, em decorrência das diferentes rotinas de lançamentos relativos à aplicação de recursos públicos.

Embora o SIAFI promova relevante contribuição ao trabalho de auditoria na apuração de irregularidades, nem todos os órgãos da administração direta o utilizam.