Os seis níveis de biossegurança consistem de combinações entre práticas e técnicas de laboratório, equipamentos de segurança e instalações do laboratório. Cada uma das várias combinações é especificamente adequada em função das operações realizadas, vias de transmissões ou suspeitas de agentes infecciosos e funcionamento ou atividade do laboratório. O diretor do laboratório é o responsável pelas avaliações de riscos e pela adequada aplicação dos níveis de biossegurança recomendados.

O Nível de Biossegurança 1 (NB1) combina práticas, equipamentos e instalações apropriadas para treinamento educacional secundário ou treinamento de técnicos e professores. Este conjunto também é utilizado em laboratórios onde são realizados trabalhos com cepas bem definidas de micro-organismos viáveis, conhecidos por não causarem doenças em homens adultos e sadios. O NB1 é um nível básico e padrão de contenção sem uma indicação de barreiras primárias ou secundárias, com exceção de uma pia para a higienização das mãos.

O Nível de Biossegurança 2 (NB2) combina práticas, equipamentos e instalações para trabalhos em laboratórios clínicos e de diagnóstico, laboratórios-escola e outros que utilizam um maior espectro de agentes nativos, de risco moderado e que estejam associados a patologias humanas de gravidades variáveis. Por meio do uso correto de boas técnicas de microbiologia, esses agentes podem ser manipulados de maneira segura em uma bancada aberta, pois o potencial para a produção de borrifos e aerossóis é baixo. No NB2, as barreiras primárias, como proteções faciais, aventais e luvas, devem ser utilizadas de maneira adequada. As barreiras secundárias, como pias para higienização das mãos e instalações para descontaminação de lixo, devem existir para reduzir o risco de contaminação do meio ambiente.

O Nível de Biossegurança 3 (NB3) combina práticas, equipamentos e instalações aplicáveis em laboratórios clínicos e de diagnósticos, laboratórios-escola e de pesquisas e/ou produções de insumos. Nesses locais trabalham-se com agentes nativos ou exóticos que apresentam um alto risco de transmissão por via respiratória e causam infecções sérias e potencialmente fatais. Os riscos primários causados às pessoas que lidam com esses agentes incluem a autoinoculação, ingestão e exposição aos aerossóis infecciosos. No NB3, as barreiras primárias e secundárias protegem áreas contíguas, comunidade e meio ambiente contra a exposição aos aerossóis infecciosos. As barreiras secundárias do NB3 incluem o acesso controlado ao laboratório e os sistemas de ventilação controlam a liberação de aerossóis infecciosos do laboratório.

O Nível de Biossegurança 4 (NB4) combina práticas, equipamentos e instalações aplicáveis para trabalhos que envolvam agentes exóticos, perigosos, de alto risco e que provocam doenças fatais em humanos. Esses agentes podem ser transmitidos via aerossóis e, até o momento, não têm nenhuma vacina ou terapia disponível. Entre os riscos primários para pessoas que manuseiam agentes do NB4 estão a exposição aos aerossóis infecciosos, a exposição de mucosas e/ou pele lesionada e a autoinoculação. Os materiais produzidos neste nível de segurança são potencialmente infecciosos e possuem um alto risco de exposição e infecção às pessoas e ao meio ambiente. O completo isolamento dos indivíduos em relação aos materiais infecciosos é feito, inicialmente, por meio de cabines de segurança biológica classe III ou pelo uso de macacão individual suprido com pressão de ar positivo. As instalações do NB4 são, geralmente, construídas em prédios separados, com um complexo e especializado sistema de ventilação e sistemas de gerenciamento de lixo.