A gestão federal deve ser a primeira e a maior responsável pelas ações de saúde, tanto municipais, quanto estaduais.

No nível municipal, cabe aos gestores programar, executar e avaliar as ações de promoção, proteção e recuperação da saúde.

Em cada esfera do governo, secretários de saúde, profissionais de saúde e prestadores de serviço representam os responsáveis pela gestão do SUS. A população conta com representantes apenas nos Conselhos de Saúde.

Os gestores do SUS são autônomos e independentes em suas ações de saúde, as quais devem na enfatizar a prestação de serviços médicos individuais, de enfoque curativo.

A nível federal, os recursos federais para o SUS provêm exclusivamente do orçamento da Seguridade Social (que também financia a Previdência Social e a Assistência Social).