Na alocação encadeada um arquivo pode ser organizado como um conjunto de blocos ligados logicamente no disco, independente da sua localização física, sendo que cada bloco possui um ponteiro para o bloco seguinte do arquivo e assim sucessivamente.

Um problema na alocação contígua é a fragmentação dos espaços livres causado pela criação e eliminação constante de arquivos é que com o tempo surgem espaços vagos sem o tamanho suficiente para se alocar novos arquivos.

Uma vantagem na alocação encadeada é que ela não permite só o acesso sequencial aos blocos dos arquivos, mas possui acesso direto aos blocos e não desperdiça espaço nos blocos com o armazenamento de ponteiros.

A alocação indexada soluciona o problema da alocação encadeada referente ao acesso direto aos blocos dos arquivos pois mantém os ponteiros de todos os blocos do arquivo em uma única estrutura denominada bloco de índice.