O Reitor do IFTO, em situações de urgência, pode expedir atos ad referendum, mas esses atos não precisam ser submetidos posteriormente à deliberação do Conselho Superior.

Compete ao Reitor do IFTO expedir resoluções, editais, portarias, regulamentos e atos normativos, mas sem o poder de constituir comissões ou exercer o poder de disciplina no âmbito da instituição.

O Reitor do IFTO é nomeado diretamente pelo Conselho Superior para um mandato de 4 (quatro) anos, sem possibilidade de recondução.

Cabe ao Reitor do IFTO presidir as cerimônias de outorga de grau, sem a possibilidade de delegar essa competência a um representante em caso de ausência.

O Reitor do IFTO tem a competência de nomear e exonerar os pró-reitores, os diretores-gerais pro tempore dos campi e os diretores dos núcleos avançados, bem como nomear os diretores-gerais eleitos na forma da lei.