Um estudo randomizado buscando identificar o perfil microbiano da pele de colaboradores de diferentes setores de um hospital público foi realizado. Ao todo foram coletados suabes de pele de 300 colaboradores, sendo três sítios de coleta, totalizando 900 amostras. Considere os itens abaixo sobre o processamento dos dados obtidos, a partir de sequenciamento por Shotgun.

I - A determinação no raw dataset da qualidade das bases sequenciadas, seguida da identificação e eliminação de contaminantes.

II - A determinação nos contigs da qualidade das bases sequenciadas, seguida da identificação e eliminação de contaminantes.

III - A classificação taxonômica das sequências contra um conjunto de dados privado construído pelo próprio pesquisador.

IV - A classificação taxonômica da montagem, para posterior quantificação das ASVs (amplicon sequence variant), e observação dos índices de diversidade para cada amostra.

Quais esse processamento de dados deve prever?