É competência do TCU apreciar as contas prestadas anualmente pelo presidente da República, bem como fiscalizar a aplicação dos recursos tributários correspondentes ao fundo de participação dos estados, arrecadados pela União e transferidos aos demais entes da Federação, incluindo-se os territórios. Além disso, se a entidade fiscalizada não possuir sistema de controle interno, o TCU poderá bloquear as parcelas desses recursos e suspender a transferência de quaisquer outros recursos federais, sem comunicar o fato ao Congresso Nacional.