A esofagite, ulceração ou estenose esofágica é uma complicação gastrointestinal, que pode ocorrer pelo grosso calibre e material rígido da sonda nasoenteral.

A desidratação é uma complicação metabólica e está associada ao uso de fórmulas hipertônicas, diarreia e outras perdas do trato gastrointestinal.

A sinusite e a otite são complicações metabólicas relacionadas à presença da sonda na via aérea superior.

A constipação é uma complicação gastrointestinal que ocorre pelo excesso de líquido administrado pela sonda.