Consideram-se órgãos de direção superior da AGU, exclusivamente, o advogado-geral da União; a ProcuradoriaGeral da União e da fazenda nacional; a Consultoria-Geral da União e a Corregedoria-Geral da Advocacia da União.

Os órgãos de execução da AGU são os seguintes: as procuradorias regionais da União e as da fazenda nacional e as procuradorias da União e as da fazenda nacional nos estados e no Distrito Federal e as procuradorias seccionais destas; a Consultoria da União, as consultorias jurídicas dos ministérios, da secretaria-geral e das demais secretarias da Presidência da República e do Estado-Maior das Forças Armadas.

A Câmara de Consultoria Bancária e Regulação Geral é uma das câmaras temáticas ligadas diretamente ao procurador-geral do BCB.

A Coordenação-Geral de Consultoria em Organização do Sistema Financeiro subordina-se à Câmara de Gestão Legal, ligada diretamente à subchefia do procurador-geral.

A PGBC, por se caracterizar como órgão jurídico de autarquia especial, vincula-se, administrativamente, à AGU.