No âmbito da Igreja foi necessário o Papa Paulo III, em 1537, declarar que os indígenas “eram entes humanos como os demais homens”. Pretendia o Papa orientar os missionários sobre a humanidade dos indígenas permitindo a ministração dos sacramentos aos “bárbaros” e, ao mesmo tempo, coibindo a violência dos colonizadores. No caso, o Papa estendia para o Brasil o “Breve” que o Papa Urbano VIII havia anteriormente expedido para proteger os índios do Peru contra os abusos cometidos pelos colonizadores espanhóis.

Em Portugal, gradativamente, foi surgindo uma legislação que tinha como referência os indígenas. Já o Regimento de Tomé de Souza, outorgado por D. Joao III (1548), fazia referência ao tratamento amistoso que se deveria dar aos índios.

(Sílvio Coelho dos Santos, Os direitos dos indígenas no Brasil. Em: Aracy Lopes da Silva e Luís Donisete Benzi Grupioni, A temática indígena da escola: novos subsídios para professores de 1º e 2º graus.)

Segundo Sílvio Coelho dos Santos, o Regimento de Tomé de Souza ainda