As despesas operacionais, de planejamento e divulgação de resultados, relativas ao financiamento de pesquisa científica e desenvolvimento tecnológico das Programações Específicas do FNDCT não poderão ultrapassar o montante correspondente a 5% dos recursos arrecadados anualmente nas respectivas fontes de receitas.

Os recursos do FNDCT não poderão financiar as ações transversais, identificadas com as diretrizes da Política Nacional de Ciência, Tecnologia e Inovação e com as prioridades da Política Industrial e Tecnológica Nacional.