O Conselho Fiscal é órgão permanente da EBSERH e compõe-se de três membros efetivos e respectivos suplentes, nomeados pelo Ministro de Estado da Saúde.

Um membro do Conselho Fiscal será indicado pelo Ministro de Estado da Saúde, outro membro será indicado pelo Ministro de Estado da Educação e outro membro será indicado pelo Ministro de Estado da Fazenda como representante do Tesouro Nacional.

O mandato dos membros do Conselho Fiscal será de três anos contados a partir da data de publicação do ato de nomeação, podendo ser reconduzidos por igual período.

Os membros do Conselho Fiscal, salvo impedimento legal, farão jus a honorários mensais correspondentes a vinte por cento da remuneração média mensal dos Diretores da EBSERH.

Compete ao Conselho Fiscal da EBSERH convocar reuniões da Diretoria.