A análise microbiológica deve ser feita no material em que o microrganismo suspeito tenha maior probabilidade de ser isolado e preferencialmente após a antibioticoterapia.

Urinas colhidas há mais de 24 horas, que ficaram guardadas em geladeira, ou colhidas há mais de duas horas, sem refrigeração, são consideradas inadequadas para análise.

No caso de suspeita de processo infeccioso intestinal, deve-se esperar passar a fase aguda ou diarréica para coletar as fezes.

A descontaminação da superfície de feridas, abscessos abertos e exsudatos deve ser feita somente após a coleta do material, de forma a evitar a eliminação das bactérias que serão cultivadas.