Em pacientes críticos com candidemia, o tratamento empírico inicial recomendado é com fluconazol 800 mg/dia.

As equinocandinas (caspofungina, anidulafungina ou micafungina) são as drogas de escolha para pacientes com neutropenia febril e candidemia.

Recomenda-se a manutenção da terapia antifúngica até 10 dias ou até quando a primeira hemocultura for negativa nos casos de candidemia.

Para tratamento de espécies de Candida isoladas em cultura de secreção traqueal, recomenda-se início de anfotericina lipossomal pelo risco de pneumonia associada ao ventilador complicada.

Candidúria assintomática deve ser sempre tratada pelo risco de ascensão do fungo pelo trato urinário e causar pielonefrite enfisematosa. Nesse caso, a droga de escolha recomendada é uma equinocandina.