A presidência do CNBS cabe ao Ministro de Estado Chefe da Casa Civil.

O Ministro de Estado da Educação é membro do CNBS.

Compete ao CNBS avocar e decidir, em primeira instância, com base em manifestação do Ministério Público e, quando julgar necessário, dos Ministérios da Saúde, da Agricultura, Pecuária e Abastecimento e do Meio Ambiente, no âmbito de suas competências, sobre os processos relativos a atividades que envolvam o uso comercial de organismos geneticamente modificados e seus derivados.

O Ministro de Estado da Saúde presidirá o CNBS.

O Ministro de Estado das Relações Exteriores não é membro do CNBS.