a decomposição de compostos orgânicos e inorgânicos contidos no poluente corresponde a um dos processos de origem bioquímica, integrante do fenômeno da autodepuração.

a autodepuração realiza-se através de processos físicos (diluição, sedimentação), químicos (oxidação) e biológicos (oxidação aeróbia e digestão anaeróbia).

os compostos orgânicos recalcitrantes ou refratários e metais pesados são, fortemente, afetados pelo mecanismo da autodepuração, através da lixiviação e da associação com complexos orgânicos.

os microrganismos heterotróficos e autotróficos predominantes na zona de decomposição ativa transformam compostos orgânicos mais complexos (proteínas e gorduras) em substâncias estabilizadas como amônia, aminoácidos e dióxido de carbono.