O processo e julgamento dos crimes previstos na Lei 9.613/1998, não obstante tratar-se de crimes subsidiários, independe do processo e julgamento dos crimes principais antecedentes, desde que praticados no Brasil.

Nos crimes de que trata a Lei 9.613/1998, são efeitos da condenação, além dos previstos no Código Penal, a interdição do exercício de cargo ou função pública de qualquer natureza e de diretor, de membro de conselho de administração ou de gerência das pessoas jurídicas que tenham legalmente a obrigação de informarem atividades suspeitas (como os bancos, bolsas de mercadorias, bolsas de valores, administradoras de cartão, etc.) pelo mesmo tempo da pena privativa de liberdade aplicada.

No processo dos crimes previstos na Lei 9.613/1998, o acusado que não comparecer nem constituir advogado será citado por edital e o processo ficará suspenso nos termos do art. 366 do CPP.

Para apuração de crime previsto na Lei 9.613/1998, admite-se a ação controlada, mesmo quando não se tratar de organização criminosa.

A Lei 9.613/1998 permite quanto à pena, redução, mitigação do regime para aberto e semiaberto, e até mesmo a não aplicação da pena ou a substituição por restritiva de direitos, ao coautor ou partícipe que colaborar espontaneamente, mas veda o benefício de não aplicação ao autor principal.