A base do tratamento da alergia alimentar é essencialmente nutricional e está apoiada no pilar da exclusão dos alérgenos alimentares responsáveis pela reação alérgica com substituição apropriada.

As alergias, tanto as mediadas por anticorpos IgE quanto as mediadas por mecanismos celulares (com manifestações gastrintestinais), costumam se resolver espontaneamente até os 2 anos de idade.

A suplementação de prebióticos em lactentes amamentados exclusivamente ao seio tem sido recomendada para bebês com histórico familiar de alergia alimentar.

Os lactentes com menos de 6 meses de vida e diagnóstico de alergia alimentar IgE mediada devem utilizar fórmulas ou dietas hipoalergênicas.

Traços do potencial alérgeno costumam ser bem tolerados, mesmo nas formas graves de alergia alimentar.