Mitocôndrias e cloroplastos mantêm seu próprio DNA e se dividem de maneira independente do núcleo, o que sustenta a ideia de que foram organismos de vida livre no passado.

A endossimbiose ocorreu em um único evento, que deu origem a todas as organelas eucarióticas – incluindo núcleo, mitocôndrias, ribossomos e cloroplastos – formadas simultaneamente.

As mitocôndrias e os cloroplastos, segundo a endossimbiose, surgiram simultaneamente e desenvolveram a capacidade principal de produzir glicose e oxigênio dentro das células eucarióticas primitivas.

Os flagelos das células eucarióticas atuais, formados exclusivamente de proteínas de origem mitocondrial, são uma evidência direta da endossimbiose, pois funcionam como unidades autônomas dentro da célula.