A Lei nº 10.180/2001 reformulou o sistema de Controle Interno em nível Federal, com destaque para a atuação das auditorias internas nos processos de prestação de contas anuais de suas respectivas entidades. Pontos chaves dessa integração são: conformidade da composição do processo de prestação de contas com as exigências do órgão de controle externo, avaliação de indicadores de desempenho e cumprimento das metas previstas para o exercício.
Em relação às características dos indicadores de desempenho, tem-se que a