O Departamento de Certificação e Articulação com os Hospitais Filantrópicos e Privados é parte da Secretaria de Atenção Especializada à Saúde.

A Fundação Oswaldo Cruz - Fiocruz e o Instituto Butantan são entidades vinculadas ao Ministério da Saúde.

O Departamento de Promoção da Saúde é parte da Secretaria de Atenção Primária à Saúde.

O Hospital Nossa Senhora da Conceição S.A. é uma autarquia vinculada ao Ministério da Saúde.

Departamento de Informática do Sistema Único de Saúde é parte do Gabinete do Ministério da Saúde.