Teste de antígeno urinário ou sanguíneo é especialmente útil no diagnóstico de histoplasmose extrapulmonar e para detecção de recidivas.

Sorologia com detecção de banda M é muito rara, mas quando positiva indica infecção aguda.

Orologia com detecção de banda H é encontrada em mais de 70% dos indivíduos que tiveram contato prévio com o fungo.

Exame histopatológico com coloração de Grocott permite a identificação do fungo, mas o diagnóstico diferencial com Leishmania é difícil, já que esta também pode ser corada pela prata.

Cultura é o padrão ouro, porém tem sensibilidade reduzida especialmente em pacientes que vivem com HIV/AIDS.