antes de iniciar a montagem de um genoma de interesse é necessário utilizar um software conhecido como Cross-match que permite a identificação e a retirada de sequências de baixa qualidade.

o agrupamento de sequências (ou sequence assembly) é o procedimento que gera, realmente, os contigs genômicos e permite a montagem do genoma per si.

no agrupamento de ESTs, as sequências que foram agrupadas são chamadas de consensos ou contigs e as sequências que não foram reunidas (por não apresentarem similaridade suficiente com nenhuma outra), chamadas de singlets.

exemplos de algoritmos de montagem de genomas são encontrados nos aplicativos PHRAP, CAP e TIGR Assembler.