Ionização por electrospray (ESI) é uma técnica de ionização suave que gera íons da solução em fase gasosa por meio do impacto de elétrons na molécula.

Em ESI, o número de cargas em uma molécula depende basicamente de seu peso molecular e do número de sítios potenciais para protonação, desprotonação ou cationização.

Proteínas e peptídeos ionizados por ESI adquirem uma única carga, o que facilita a caracterização estrutural.

Na dessorção/ionização a laser assistida por matriz (MALDI), o analito deve ser dissolvido em uma solução orgânica volátil antes da ionização, tornando essa técnica ideal para a análise de pequenas moléculas em solução.

Ionização química à pressão atmosférica (APCI) é uma técnica de ionização na qual íons são gerados por descargas corona, sendo mais adequada para compostos de alta massa molecular e pouco voláteis, como proteínas.