A espectrometria de massas, como técnica isolada, tem grande aplicação na elucidação estrutural de compostos orgânicos. Quando associada às técnicas como cromatografia gasosa (CG-EM) ou líquida (CLAE-EM), confere a estas uma seletividade muito superior a que cada uma possui individualmente, permitindo analisar um analito mesmo quando ele esteja coeluindo com outra substância interferente. Tal seletividade se deve ao fato de: