A EBSERH será administrada por uma Diretoria Executiva, composta pelo Presidente e até nove Diretores, todos nomeados e destituíveis, a qualquer tempo, pelo Ministro de Estado da Educação, por indicação do Presidente da República.

O Presidente e os Diretores da EBSERH serão nomeados dentre brasileiros que satisfaçam os seguintes requisitos: I - idoneidade moral e reputação ilibada; II - notórios conhecimentos na área de gestão, da atenção hospitalar e do ensino em saúde; e III - pelo menos cinco anos de exercício de função ou de efetiva atividade profissional que exija os conhecimentos mencionados no item II.

A Diretoria reunir-se-á, ordinariamente, uma vez por bimestre e, extraordinariamente, sempre que convocada pelo Presidente da EBSERH, deliberando com a presença da maioria de seus membros.

O Presidente poderá vetar as deliberações da Diretoria, submetendo-as, neste caso, ao Conselho de Administração.

O Presidente e a Diretoria devem apresentar, anualmente, ao Conselho de Administração, relatório das atividades da EBSERH.