A identificação de uma estrutura molecular a partir de um espectro de massa requer um bom trabalho de detetive químico. Para analisar as biomoléculas grandes e drogas são necessários trabalhos mais complexos. No espectro mostrado na figura que segue, observa-se uma amostra de sangue de um bebê recém-nascido. A pequena gota de sangue está sendo analisada para determinar se a criança tem fenilcetonúria. A presença do composto fenilalanina !$ (C_9H_{11}NO_2) !$ é uma indicação positiva desta condição.