Na vigência de desnutrição, o trato gastrointestinal e o pâncreas podem se atrofiar, com diminuição da produção de secreções.

O aumento da permeabilidade intestinal em pacientes desnutridos compromete a barreira intestinal.

Na presença de desnutrição ocorrem diversas alterações hormonais, tais como aumento da insulina e somatomedina, e redução do hormônio de crescimento.

A desnutrição proteica pode prejudicar a cicatrização de feridas por prolongar a fase inflamatória, além de aumentar a taxa de infecção de feridas.

Nas mulheres, a desnutrição se associa a diminuição das gonadotropinas, retardando a menacme ou levando à amenorreia e redução da fertilidade.