De acordo com o Regimento Interno do Deinfra (Decreto n° 1.023/2008), a estrutura organizacional básica do Departamento Estadual de Infraestrutura compreende alguns órgãos.

A Diretoria de Obras Civis, Diretoria de Obras de Transportes, Diretoria de Manutenção e Operação e Superintendências são consideradas órgãos de: