A Reitoria é o órgão executivo do IFPA que administra, coordena e supervisiona todas as atividades da instituição, tendo como um dos princípios norteadores o respeito aos direitos humanos, ao pluralismo de ideias e à liberdade de expressão.

O Conselho Superior tem caráter consultivo e de assessoramento normativo e atua em apoio à Reitoria da instituição, tendo como um dos princípios norteadores a natureza pública, gratuita e laica do ensino, sob a responsabilidade da União.

O Colégio de Dirigentes é órgão superior de instância máxima da instituição, sendo suas decisões de caráter deliberativo, tendo como um dos princípios norteadores a gestão democrática, transparência, ética, cidadania, inclusão e justiça social.

A Pró-reitoria de Administração tem o papel de definir a política de desenvolvimento e gestão de pessoas da instituição, tendo como um dos princípios norteadores a verticalização e integração do ensino, pesquisa, extensão e inovação tecnológica.