No caso das farmácias, são permitidas as transferências de produtos acabados entre estabelecimentos filiais da mesma empresa.

A escrituração de todas as operações relacionadas com substâncias ou medicamentos sujeitos a controle especial deve ser realizada e transmitida eletronicamente em arquivos no formato especificado pelo Padrão de Transmissão do sistema, em intervalos de sete dias consecutivos, contados inicialmente a partir da data de efetivo credenciamento do estabelecimento junto ao Sistema Nacional de Gerenciamento de Produtos Controlados (SNGPC).

A transmissão da escrituração de todas as operações relacionadas com substâncias ou medicamentos sujeitos a controle especial deve ser realizada no período determinado por resolução, a não ser nos casos em que não haja nenhuma movimentação no estoque do estabelecimento.

O(s) farmacêutico(s) do estabelecimento é(são) o(s) profissional(is) responsável(is) pela escrituração do estoque e da movimentação de substâncias ou medicamentos sujeitos a controle especial junto ao sistema.