Em distribuições Linux, a estrutura de diretórios não lembra em nada a utilizada no Windows. Basicamente, no Windows os arquivos do sistema são concentrados nas pastas Windows e arquivos de programas podem ser criados e organizados da forma que o usuário quiser. No Linux é basicamente o contrário. O diretório raiz está tomado pelas pastas do sistema e espera-se o armazenamento dos arquivos pessoais dentro do diretório /home. Tudo faz parte de um único diretório, chamado diretório raiz. Exemplificando, no Linux enquanto um diretório concentra os arquivos de configuração do sistema, substituindo de certa forma o registro do Windows, em outro diretório são armazenados links e programas para dispositivos de hardware, como placa de som e mouse. Esses diretórios são conhecidos, respectivamente, como: