A distribuição de recursos que compõem o Fundeb pode ser feita às instituições comunitárias, confessionais ou filantrópicas sem fins lucrativos e conveniadas com o poder público, desde que realizem o atendimento biopsicossocial.

Os Estados, o Distrito Federal e os Municípios deverão implantar planos de carreira e remuneração dos profissionais da educação básica, de modo a assegurar incentivo financeiro aos professores que atendam estudantes com deficiência, transtornos globais do desenvolvimento e altas habilidades ou superdotação.

Para suplementar a educação de estudantes com altas habilidades e superdotação, poderão ser aplicadas diferenças e ponderações quanto ao valor por aluno entre etapas, modalidades, duração da jornada e tipos de estabelecimento de ensino que incidirão sobre o valor anual total por aluno (VAAT), reajustado semestralmente.

A fiscalização e o controle referentes ao cumprimento do disposto no Art. 212 da Constituição Federal será exercido pelo Tribunal de Contas da União caso existam Estudantes público-alvo da Educação Especial matriculados nas redes públicas escolares.

Para efeito da distribuição dos recursos do Fundeb será admitida a dupla matrícula dos estudantes da educação regular da rede pública que recebem atendimento educacional especializado.