O médico pode invocar objeção de consciência para recusar o atendimento e a realização do aborto em qualquer situação, inclusive se for o único profissional disponível no serviço ou se houver risco iminente de morte materna, pois a liberdade de consciência é direito constitucional absoluto.

Para a realização do abortamento legal em casos de gravidez resultante de estupro, não é exigida a apresentação de Boletim de Ocorrência policial ou autorização judicial, bastando o consentimento da vítima e o parecer da equipe de saúde multidisciplinar atestando a compatibilidade da idade gestacional com o relato da violência.

A coleta de material biológico (vestígios) no exame físico ginecológico é responsabilidade exclusiva do médico assistente da unidade de saúde, que deve armazenar as provas para futura requisição policial, substituindo a necessidade de perícia do Instituto Médico Legal (IML).

O limite gestacional para a realização do aborto legal em caso de estupro é fixado em 12 semanas pelo Código Penal Brasileiro; após esse período, a interrupção só é permitida mediante alvará judicial específico, independentemente do peso fetal.