Diversas metodologias podem ser empregadas para o estudo da morte celular por citometria de fluxo. Cada uma dessas metodologias utiliza estratégias baseadas nas propriedades de células em processo de morte por apoptose ou necrose. Dentre essas metodologias podemos destacar a marcação de células com anexina-V, iodeto de propídeo, detecção de fragmentos de DNA pela técnica de TUNEL, marcadores de DNA e sondas fluorescentes que medem o potencial de membrana mitocondrial. Sobre as vantagens e desvantagens desses métodos, podemos afirmar que: