Nos protocolos de preparo de amostras proteicas para a digestão enzimática e consequente sequenciamento dos peptídeos por espectrometria de massas, utiliza-se o reagente 2-iodoacetamida para prevenir a oxidação da cadeia lateral das cisteínas presentes na sequência primária das proteínas. Como consequência, no processo de identificação das sequências primárias dos peptídeos pelo algoritmo de busca MASCOT, necessita-se selecionar o tipo de modificação química promovida pela 2-iodoacetamida nas cisteínas. A modificação fixa que deve ser selecionada é a: