Havendo sentença homologatória referente a composição civil e transação penal, não será possível o prosseguimento da ação penal no caso de o acusado descumprir o acordo, por ter sido extinta a punibilidade.

Conforme o disposto na Lei n.º 10.259/2001, se, devido às regras de conexão e continência, processos tiverem de ser reunidos perante o juízo comum ou o tribunal do júri, não será possível a aplicação, a esses processos, dos institutos despenalizadores do microssistema dos juizados especiais.

Não sendo cabível recurso da decisão que rejeita a denúncia ou queixa no rito dos juizados especiais criminais, diante do princípio da irrecorribilidade das decisões interlocutórias, resta ao querelante ou o MP, se desejarem discutir tal decisão, interpor mandado de segurança junto a turma recursal dos juizados especiais criminais.

Em se tratando de ação penal privada submetida ao rito dos juizados especiais criminais, a transação penal deve ser oferecida pelo querelante, não sendo, portanto, um direito subjetivo do querelado, dado o princípio da disponibilidade da ação penal privada.

A suspensão condicional do processo não pode ser aplicada se houver inquéritos policias em curso contra o denunciado.