A diferença entre os vírus e as bactérias é que os primeiros não crescem nos alimentos, apenas os usam como transporte. Para crescer e multiplicar, os vírus precisam de uma célula viva. Assim, uma pessoa pode ingerir um alimento que esteja contaminado e, em seguida, o organismo dessa pessoa será o meio propício para que o vírus se desenvolva. A doença mais comum transmitida assim é a hepatite A.

Os parasitas podem provocar sérias infecções alimentares. Assim como os vírus, não crescem nos alimentos e seres vivos, apenas os usam como transporte.

Algumas doenças gastrointestinais são produzidas por vírus tipo rotavírus. Geralmente, esses vírus estão presentes na matéria fecal das pessoas infectadas e podem contaminar alimentos, quer seja de forma direta pelo chamado esquema fecal-oral, quer seja de forma indireta através dos esgotos.

Apesar de algumas bactérias não serem patogênicas e serem usadas na indústria alimentícia na elaboração de certos alimentos, a maioria dos casos de intoxicação alimentar são causados por bactérias ou pelas toxinas que elas liberam. Entre as bactérias patogênicas ou causadoras de doenças mais comuns estão estafilococos, Clostridium (Perfringens, Botulinum etc.), Shigella, Escherichia coli e Bacillus cereus.