As DTA podem ser causadas por toxinas: produzidas pelas bactérias Staphylococcus aureus, Clostridium spp, Bacillus cereus, Escherichia coli, Vibrio spp

As toxinas podem ser termolábeis (inativadas pelo calor), como a toxina do botulismo e outras são termoestáveis (não são inativadas pelo calor), como as toxinas produzidas pelo Staphylococcus aureus e o Bacillus cereus.

As DTA podem ser causadas por Bactérias (Salmonella spp, Shigella spp, Escherichia coli, etc), Vírus (Rotavirus, Norwalk) Parasitas (Entamoeba spp, Giardia lamblia, Cryptosporidium parvum etc) e Substâncias tóxicas (Metais pesados, agrotóxicos etc)

Intoxicações não bacterianas também são DTA como nas intoxicações por metais pesados, agrotóxicos, fungos, silvestres, plantas e animais tóxicos (Ex: moluscos, peixes)

Em alimentos pouco ácidos, com pH > 4,5 (Ex.: leite, carnes, pescados e alguns vegetais), observa-se o predomínio de bactérias não esporuladas (Ex.: Clostridium spp, Bacillus cereus), bactérias patogênicas anaeróbicas (Ex.: Salmonella spp) e anaeróbias (Ex.: Clostridium spp).