Vinculam-se diretamente ao Prefeito Municipal o Departamento de Água e Esgoto (DAE) e a Companhia de Habitação Popular de Bauru (COHAB).

A Prefeitura Municipal de Bauru é integrada pelos seguintes órgãos, diretamente vinculados ao Prefeito Municipal: Gabinete do Prefeito, Secretarias Municipais e o Corpo de Bombeiros Militar.

As ações administrativas, dirigidas para realizar os objetivos do Município de Bauru assentam-se, dentre outros, no fundamento do acompanhamento e controle, pelo Ministério Público Estadual, de toda e qualquer ação administrativa.

As ações administrativas, dirigidas para realizar os objetivos do Município de Bauru assentam-se, dentre outros, no fundamento da descentralização hierárquica, visto como sistema lógico e racional de repartição de atribuições e responsabilidades entre órgãos, unidades, subunidades, setores e serviços da Administração Municipal.