A encefalite herpética frequentemente apresenta alteração no líquor com evidência de autoanticorpos, enquanto a encefalite autoimune tipicamente demonstra a presença do vírus HSV no líquor.

A encefalite herpética é caracterizada por uma apresentação gradual dos sintomas ao longo de semanas, enquanto a encefalite autoimune geralmente se apresenta de forma aguda com febre alta.

A ressonância magnética da encefalite herpética frequentemente mostra hipersinal em áreas temporais, enquanto a encefalite autoimune pode apresentar alterações difusas ou específicas sem padrões característicos.

A encefalite autoimune geralmente não está associada a infecções recentes, enquanto a encefalite herpética pode ser precedida por sintomas de infecções respiratórias.

Ambas as condições não apresentam alterações no exame neurológico, porém a encefalite herpética é mais frequentemente acompanhada de rigidez de nuca.