Um membro é o Presidente da Empresa, que ocupa a presidência executiva do conselho.

Um membro é indicado pelo Ministro da Gestão e da Inovação em Serviços Público, sendo obrigatoriamente diretor de hospital universitário federal.

Três membros são indicados pelo Ministro da Educação, dos quais um será o Presidente do Conselho e outro, o substituto em suas ausências e seus impedimentos.

Um membro é reitor de universidade federal, eleito para o cargo pela Associação Nacional dos Docentes das Instituições Federais de Ensino Superior.

Dois membros são representantes dos empregados, eleitos para participar das deliberações sobre assuntos que envolvam relações sindicais, remuneração e questões de previdência.