O zoneamento ambiental, o licenciamento e a revisão de atividades efetiva ou potencialmente poluidoras são considerados instrumentos econômicos da PNMA, visando a arrecadação de taxas.

O estabelecimento de padrões de qualidade ambiental é um instrumento discricionário, ou seja, o órgão ambiental pode escolher não aplicá-lo em áreas de interesse industrial.

O licenciamento ambiental e a Avaliação de Impacto Ambiental (AIA) são instrumentos distintos; enquanto o primeiro é o procedimento administrativo, o segundo é um dos elementos técnicos que o fundamentam em casos de significativo impacto.

A criação de espaços territoriais especialmente protegidos, como as Unidades de Conservação, é um instrumento que se aplica exclusivamente a terras de domínio público, sendo vedada sua instituição em áreas privadas.

O Cadastro Técnico Federal de Atividades e Instrumentos de Defesa Ambiental é um instrumento de natureza punitiva, servindo apenas para listar empresas que já cometeram crimes ambientais.