As interações hidrofóbicas ocorrem quando os resíduos hidrofóbicos se associam com resíduos polares, favorecendo a formação de uma estrutura proteica estável.

Durante o dobramento, os resíduos hidrofóbicos tendem a se agrupar no interior da proteína, longe do ambiente aquoso, contribuindo para a estabilização da estrutura terciária.

As interações hidrofóbicas são responsáveis por manter os resíduos hidrofóbicos na superfície da proteína, onde podem interagir facilmente com a água.

As interações hidrofóbicas são fracas e não influenciam significativamente a estabilidade final da proteína, sendo a interação iônica o principal fator estabilizante.

As interações hidrofóbicas não desempenham papel importante no dobramento de proteínas em ambientes aquosos, pois a solubilidade das proteínas em água impede qualquer tipo de agrupamento de resíduos hidrofóbicos.